从理论上讲，任何活的含完整细胞核的植物细胞都具有全能性，只要条件适宜，都能再生成完整植株。所以，外植体可以是植物细胞、组织或器官，甚至是原生质体。由于不同植物种类以及同种植物的不同器官对诱导条件的反应是不一致的，有的部位诱导成功率高，有的部位很难脱分化，有的即使脱分化，再分化频率也很低，出芽不长根，或长根不长芽。因此，生产实践中必须选取最易表达全能性的部位，以降低生产成本。一般多选择茎段、茎尖、叶片、花药等作为组培快繁的外植体。选择外植体主要从植物的基因型、生理状态、取材季节、取材部位等考虑。
1.植物基因型
植物组织培养的难易程度与植物的基因型相关。一般来说，草本植物易于木本植物；双子叶植物易于单子叶植物。因此，选取优良的或特殊的具有一定代表性的基因型，可以提高组织培养的成功率，增加其实用价值。
2.生理状态
外植体的生理状态和发育年龄直接影响植物离体培养过程中的形态发生。越幼嫩、年限越短的组织越具有较高的形态发生能力，组织培养越易成功。
3.取材季节
外植体最好在其生长开始的季节选取，若在生长末期或已经进入休眠期选取，则外植体会对诱导反应迟钝或无反应。如百合鳞片外植体，春、秋季取材容易形成小鳞茎，夏、冬季取材培养则难形成小鳞茎。
4.植物的长势
生长健壮的器官或组织代谢旺盛，再生能力强，培养容易成功。
5.取材部位
在确定取材部位时，一方面要考虑培养材料的来源是否有保证和容易成苗；另一方面要考虑经过脱分化产生的愈伤组织的培养途径是否会引起不良变异，丧失原品种的优良性状。对于培养较困难的植物，在培养材料较多的情况下，最好比较各部位的诱导及分化能力，既保质又保量。
6.外植体大小
选择外植体的大小，应根据培养目的而定。如果是胚胎培养或脱除病毒，则外植体宜小；如果是进行快速繁殖，外植体宜大。但外植体过大，消毒往往不彻底，易造成污染；过小则离体培养难于成活。一般外植体大小在0.5～1.0cm为宜。具体说叶片、花瓣等约为5mm×5mm，茎段长约带1～2个节，茎尖分生组织带1～2个叶原基，大小约0.2～0.5mm等。