1.微生物污染问题
1.1造成污染的原因
（1）外植体材料本身带菌；（2）接种过程中接种工具灭菌不彻底或者交叉污染；（3）培养基灭菌不彻底。
1.2防治措施
（1）外植体灭菌要彻底。首先可以选择组织内部无菌材料；其次根据不同的材料选择不同的消毒剂和消毒时间；第三外植体消毒要细心，比如茎段消毒，经过消毒处理后，要把两端切去约0.5cm，这样就可以大大减少污染的概率。
（2）严格遵守无菌操作规程。操作人员在进入接种室前一定要洗手，然后换上接种服，带上口罩，操作之前先用75%的酒精擦拭双手，接种工具要经常灼烧一保证不会带菌或者交叉污染。
（3）加抗生素。在培养基中适当的加入抗生素可以有效防止污染。
（4）无菌培养环境。培养室内要定期进行灭菌，可在室内装紫外灯，或者用高锰酸钾和甲醛熏蒸，或者利用其它的熏蒸剂进行灭菌。
（5）控制外植体的接种数量。每个培养瓶中尽量接种少量的外植体。
（6）及时继代培养。定期检查组培苗的生长情况，发现有污染苗头的组培苗及时转接到新鲜培养基上。
2.褐变问题
2.1影响褐变的因素
（1）外植体材料的基因型；（2）外植体的生理状态；（3）培养基成分。
2.2防治措施
（1）选择适当的外植体。选择处于旺盛生长状态的外植体，对于容易褐变的植物注意对其不同品系的基因型进行筛选，选择褐变率较低的材料作为外植体。
（2）在培养基中加入还原性物质或者吸附剂。在培养基中加入偏二亚硫酸钠、抗坏血酸、柠檬酸等抗氧化剂；或者加入0.1-1%的活性炭吸附培养物在生长过程中分泌的酚类、醌类物质，但是要注意活性炭也可以吸收培养基中的激素使之浓度降低。。
（3）对培养材料进行预处理。用抗氧化剂溶液进行预处理或者在接种前用无菌水洗净切口渗出的酚类物质。
（4）适当的培养条件。在培养初期保持较低温度（15-20℃），可以降低PPO活性，防止酚类物质氧化，减轻褐变。
（5）其他措施，培养初期进行连续转接。
3.玻璃化问题
3.1影响玻璃化的因素
（1）外植体材料；（2）培养的环境条件；（3）培养基成分，琼脂的浓度、碳源的种类及含量等；（5）封口材料。
3.2防治措施
（1）降低NH4+浓度，减少培养基中氮化物的含量。
（2）降低细胞分裂素的含量。
（3）适当增加琼脂的浓度，以降低培养基的水势。
（4）增加光照强度和光照时数。
（5）在培养基中加入5-10mg/L的PP333。
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