污染问题是药用植物快繁过程中常见的而且也必须给予高度重视的一个问题，许多试管苗因污染率过高而导致成本较高，经济效益不佳。一般而言，工厂化生产试管苗的污染率应该控制在8%以内。常见的污染原因和控制方法为：
　　（1）材料带菌和控制。选用的外植体因过大等原因本身带有病菌，或继代培养的材料本身带有病菌。其控制的方法是彻底灭菌，特别是对有绒毛的外植体；初代接种时使用大小合适的外植体；在继代的培养中，每次继代之前都要对继代的材料进行仔细检查，凡是污染的材料应予以丢弃或进行重复灭菌。

　　（2）接种污染与控制。由于在接种过程中将病菌转入培养材料而造成的。引起接种污染有三个原因：第一是由于超净工作台滤出的空气中带菌超标造成的，属于这种情况要及时修理或更换超净工作台；第二是由于交叉污染造成的，针对这种情况，要求接种者操作细心，接种用的镊子不要与酒精灯、台面等接触，一旦接触应立即进行消毒处理，同时各瓶材料接完时要对镊子、剪刀等用具进行消毒；第三种是由于接种者呼吸、工作态度等原因造成的，针对这点，要求操作人员端正工作态度，自身做到尽量少带菌，在接种时应用酒精棉擦手，穿上无菌的白大衣，带上口罩和帽子。
　　（3）培养过程感染和控制。在培养材料的过程中，如果环境中病菌多、湿度大、温度高，同样会使培养的材料污染。这就要求我们经常进行清洁卫生，对培养空间定期进行消毒处理，及时清除污染材料，转移继代材料。

　　（4）培养基的污染和控制。组织培养中，培养基中的细菌特别是内源菌污染是培养基污染的主要原因之一。常采用的措施是在培养基中加入抑菌剂。